搞懂DNA为什么不打结的物理学家正在招博士生|爱丁堡大学

你有没有想过一个问题:我们每个细胞里大约有2米长的DNA,挤在一个直径只有几微米的细胞核里,按道理说应该缠成一团死结才对——可它居然基本不打结。这事儿如果你当过耳机线的主人就知道有多反直觉。而今天要聊的这位导师,就是专门研究"为什么不打结"以及"打了结会怎样"的人。他在爱丁堡大学物理与天文学院,名字叫 Davide Michieletto。

🔬 模块一:导师学术画像

Davide Michieletto,意大利人,本科在帕多瓦大学学物理,之后跑到英国华威大学读了复杂性科学的博士,2015年博士毕业。注意,2015年毕业,到现在差不多十年,已经是爱丁堡大学的 Reader(大致相当于国内正教授/副教授偏上),同时还是英国皇家学会大学研究员(Royal Society University Research Fellow)。这个头衔在英国学术圈含金量极高,每年全英也就几十个名额。

他的研究用一句话概括就是:用物理学的方法理解生物分子(尤其是DNA)的拓扑结构和材料特性。听着挺抽象,其实核心问题很接地气——DNA长链在细胞里怎么折叠、怎么互相穿过、怎么被蛋白质"管理"不打结,以及我们能不能利用这些拓扑原理设计新材料。他的实验室叫 TAP Lab(Topologically Active Polymers),既做计算模拟也做实验,是真正的理论+实验双修型课题组。

2024年他拿了 Philip Leverhulme Prize(每三年只发给5位物理学家,全学科竞争),同年还拿了英国生物物理学会的 Louise Johnson 早期职业奖。67篇论文,Google Scholar 引用超2500次。对于一个毕业十年的人来说,这个产出和影响力相当厉害。

👇 下图是这位导师的学术档案卡,建议保存 ——

搞懂DNA为什么不打结的物理学家,正在招博士生|爱丁堡大学

🧬 模块二:研究方向深度解读

Michieletto 的研究横跨软物质物理和生物物理两个大领域,但核心关键词只有一个:拓扑(Topology)。简单说,拓扑关心的不是东西长什么样,而是它怎么"连"在一起——一个圆环和一个方框在拓扑学看来是一样的,但一个打了结的绳子和一根直绳就不一样了。

他的研究主要有两条线。第一条线是DNA拓扑与基因组物理学。我们的基因组虽然极长又极拥挤,但在蛋白质的帮助下能维持良好的组织状态。他用分子模拟和实验手段去理解这种"拓扑管控"是怎么实现的,比如环状挤出因子(loop extruding factors)怎么帮助解开DNA缠结,拓扑异构酶怎么简化基因组拓扑等。2023年发在 PRL 上的一篇论文就展示了一种叫IHF的蛋白质如何让缠结的DNA溶液"变稀"。

第二条线是拓扑软材料设计。既然大自然已经演化出了精妙的拓扑管理方案,那我们能不能"偷师"来设计新材料?他的团队最近(2025年 Nature Materials)发现DNA纳米星可以自发形成具有微观互锁环结构的凝胶,这些环的拓扑连接方式直接决定了凝胶的宏观弹性。另外他们还在搞基于环糊精的拓扑交联水凝胶(2025年 Communications Chemistry),以及用AI识别分子打结模式(2024年 Soft Matter 封面文章)。

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这个方向目前在国际上非常热门,是物理、化学、生物、材料多学科交叉的前沿地带。适合有物理或数学背景的同学(尤其是统计物理、计算物理方向),同时也欢迎有化学或生物实验背景的同学——他的组是真的做湿实验的,不是纯理论组。

👇 下图是该导师的两条研究主线对比,一目了然 ——

搞懂DNA为什么不打结的物理学家,正在招博士生|爱丁堡大学

✉️ 模块三:套磁切入点分析

基于他近期的研究动态,这里给几个可以考虑的套磁角度。

角度一:DNA纳米结构与拓扑凝胶。他2025年 Nature Materials 那篇文章证明了DNA纳米星形成的凝胶中,拓扑链接决定弹性。如果你有DNA纳米技术、流变学或高分子合成的经验,可以从"如何调控纳米星的拓扑连接方式来设计可编程凝胶"这个角度切入。

角度二:机器学习+分子拓扑。他的组刚发了用ML识别分子结的工作,还在Physics World上写了科普文章"Spot-The-Knot"。如果你有机器学习或计算数学背景,可以从"用更高效的拓扑不变量做分子分类"或"用图神经网络识别聚合物拓扑"这类角度入手。

角度三:锥虫动基体DNA(Kinetoplast DNA)。这是一种由上千个小DNA环互锁形成的"中世纪锁子甲"结构,堪称自然界最复杂的拓扑网络之一。他2025年刚在 NAR 发了综述,2024年发了用限制酶逐步拆解kDNA的实验文章。如果你对寄生虫生物学或网络拓扑有兴趣,这是一个非常独特的切入口。

💡 套磁开头段框架示例第一句:点明你读了他哪篇具体的文章(比如2025年 Nature Materials 或 NAR 综述)以及你从中获得的启发。第二句:简要说明你自己的背景中和他研究的关联点(比如有分子动力学模拟经验、或做过DNA纳米技术实验)。第三句:提出一个你想探索的具体问题或延伸方向(不要太大太虚,最好和他近期论文的discussion部分呼应)。

⚠️ 常见错误不要在套磁信里只写"I am interested in soft matter"然后列一堆你自己的成绩——他每天收到的这类邮件太多了。你得让他看出你真的读了他的文章,而且你的背景和他的方向之间有具体的连接点。另外,他的组既做理论也做实验,如果你两样都能做或者愿意学,一定要明确说出来,这是加分项。

📝 模块四:研究计划方向提示

如果要写匹配他方向的研究计划,可以从这几个角度切入:利用拓扑约束设计响应性DNA水凝胶、发展基于持久同调(persistent homology)的新型聚合物拓扑表征方法、或者探究环状挤出因子对染色质拓扑的调控机制及其在疾病中的意义。选一个你有背景支撑的小问题深挖,比泛泛地写"拓扑在生物中的应用"要好得多。

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