香港科技大学(广州)招PhD 新组在建 AI生物交叉方向 慕尼黑工大PhD出身的年轻PI

我能查到的最近一个从这个组毕业的学生,去了一家生物制药公司做计算生物学方向的研发。样本只有一个,说明不了太多,但至少可以确认:这个交叉方向出来是有工业界对口岗位的。

项目方向门槛

港科广的生命科学与生物医学工程学域有明确的 PhD 招生项目。这是一个交叉方向——你需要有生物学或化学的底子,同时还得会写代码、懂机器学习基础。纯生物背景没碰过编程的人,进组后补课量会比较大。纯 CS 背景没读过结构生物学的人,也会有一段适应期。最理想的背景是生物信息学或计算生物学,已经用过 AlphaFold 或者做过蛋白质相关的数据分析。

研究背景与课题组

孙鉴锋是港科广生物医学工程学域的助理教授,慕尼黑工大 PhD 出身,方向是深度学习驱动的结构生物学。这是一个新建组,目前 2 名 PhD 在读,1 名博后。新组意味着几件事:名额相对充裕、导师时间相对充足、但公开信息也相对有限。

研究重心

他的核心问题是用深度学习方法预测和设计蛋白质结构。近两年的论文主要走两条线:一条是图神经网络在分子性质预测上的应用,另一条是迁移学习在药物-靶标相互作用预测上的方法创新。这两条线在 AI 制药和结构生物学领域都是热门,但他的切入点偏方法而不是偏应用。

代表论文

Deep learning approaches for protein structure prediction and design

Nature Methods, 2024 | 引用 45

Graph neural networks for molecular property prediction

推荐

Bioinformatics, 2023 | 引用 38

Transfer learning for drug-target interaction prediction

Briefings in Bioinformatics, 2023 | 引用 62

申请准备与文书材料

CV 里如果有用 Python 做过生物数据分析的项目(哪怕只是课程项目),一定要写清楚:处理了什么数据(蛋白质序列/分子图/基因组数据)、用了什么模型、跑出来什么结果。邮件第一段写你做过哪个具体的计算生物学问题,不要泛泛写"对 AI+生物交叉感兴趣"。

研究计划

主切口:基于图神经网络的蛋白质-蛋白质相互作用预测。对象是 PDB 数据库中的蛋白质复合物,数据用公开的 BioGRID 或 STRING 数据库,方法结合 GNN 和预训练蛋白质语言模型(如 ESM-2)。可追问的方向:如何处理低同源性蛋白质对的预测难题。

博士未来就业与资助

这个交叉方向的毕业去向通常分两条路:一条是 AI 制药公司(晶泰科技、英矽智能、Recursion 等),另一条是高校或研究所做计算生物学方向的博后。港科广的 PhD 标准资助每月约 12,500 元人民币,免学费。CSC 联合培养也可以申请。广州生活成本比香港低不少,这笔钱够日常开销。

有计算生物学基础、能接上他目前问题线的人,这个新组是个不错的窗口期。

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