荷兰阿姆斯特丹大学生物医学系全奖博士招生 | Prof. Corthals

导师简介

如果你想申请作荷兰阿姆斯特丹大学 生物医学系博士，那今天这期文章解析可能对你 有用！今天Mason学长为大详细解析阿姆斯特丹大学的Prof.Corthals的研究领域和代表文章，同时，我们也推出了新的内容“科研想法&开题立意”，为同学们的科研规划提供一些参考，并且会对如何申请该导师提出实用的建议！方便大家进行套磁！后续我们也将陆续解析其他大学和专业的导师，欢迎大家关注！

作为阿姆斯特丹大学理学院Van 't Hoff分子科学研究所的教授，导师是当今质谱技术和蛋白质组学领域的重要学者。导师的研究专注于生物分子系统分析学(Biomolecular Systems Analytics)，在质谱技术应用于蛋白质组学研究方面具有深厚的专业背景和丰富的经验。导师于1997年获得博士学位，此后一直在生物医学蛋白质组学领域工作，曾在美国华盛顿大学医学院、澳大利亚悉尼Garvan医学研究所以及日内瓦大学医院和医学院担任要职。

2006年以来，导师在芬兰图尔库生物技术中心领导了一个专注于基于质谱的蛋白质组学研究团队，同时担任图尔库大学和奥博学术大学联合蛋白质组学设施的主任，并且是芬兰国家蛋白质组学和代谢组学技术平台的主席。2014年，导师加入阿姆斯特丹大学，被任命为超分子分离技术教授。

研究领域

导师的研究重点集中在质谱技术的开发及其在广泛应用中的运用，主要包括四个核心领域：

（1）质谱方法和相关技术，用于蛋白质和翻译后修饰的定量分析；

（2）环境离子化方法，用于各种分子的快速敏感分析；

（3）化学探针和交联剂，协助分析蛋白质的空间组织和分子结构；

（4）计算工具，协助质谱数据的询问、识别和验证。

导师的教学领域涵盖了现代分析化学的前沿技术，特别是质谱技术在化学和生命科学中的应用，包括各种离子化方法（电子离子化、化学离子化、电喷雾离子化、基质辅助激光解吸电离化以及选定的环境离子化方法）的原理理解。

在蛋白质组学方面，导师专注于质谱在蛋白质鉴定、肽质量指纹图谱、序列标签分析、翻译后修饰分析、定量蛋白质组学以及肽MS/MS谱图解释等方面的应用。

导师的多学科研究团队将借鉴与质谱相关的广泛专业知识，从化学到计算方法，以解决具有挑战性的问题，从而在生物分子科学中提供新的知识和概念。与HIMS在大分子和生物系统分析方面的现有研究领域相一致，导师的主题研究领域将涉及健康、食品、法医和艺术科学。

研究分析

1.《Electroless Ionization Mass Spectrometry Using a Compact Electrokinetic Ionization Source》（2024年，Analytical Chemistry）

这项研究介绍了一种用于便携式质谱仪的新型离子化技术，由装有样品液体的注射器和含有微制造喷嘴芯片的自离子化喷嘴组成。样品液体与喷嘴壁的相互作用导致电荷产生，无需电子设备。该工作代表了质谱技术向小型化和便携化发展的重要进展，对于现场检测和即时分析具有重要意义。研究成果发表在分析化学领域的顶级期刊上，体现了其技术创新的重要价值。

2.《Surface Acoustic Wave Nebulization-Mass Spectrometry as a New Tool to Investigate the Water Sensitivity Behavior of 20th Century Oil Paints》

（2021年，Journal of the American Society for Mass Spectrometry）

该研究将表面声波雾化质谱技术应用于研究20世纪油画的水敏感性行为，展示了质谱技术在艺术保护科学中的创新应用。这项工作不仅体现了导师在质谱技术方法学创新方面的能力，更展示了其将先进分析技术应用于跨学科研究的视野，为文物保护和艺术史研究提供了新的科学工具。

3.《Evaluation of Fast and Sensitive Proteome Profiling of FF and FFPE Kidney Patient Tissues》

（2022年，Molecules）

该研究评估了新鲜冷冻(FF)和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肾脏患者组织的快速敏感蛋白质组分析方法。这项工作在临床蛋白质组学方面具有重要意义，为肾脏疾病的诊断和治疗提供了重要的技术基础。研究开发了包含质谱兼容清洁剂的多种协议，实现了对不同类型组织样本的高效蛋白质回收，为临床蛋白质组学的标准化奠定了基础。

4.《Deep learning-based classification of kidney transplant pathology: a retrospective, multicentre, proof-of-concept study》

（2022年，The Lancet Digital Health） 这项研究将深度学习方法应用于肾移植病理学分类，是一项回顾性多中心概念验证研究。该工作代表了人工智能技术与医学病理学结合的前沿探索，为提高移植器官病理诊断的准确性和效率提供了新的技术途径。

5.《Confident Site Localization Using a Simulated Phosphopeptide Spectral Library》

（Journal of Proteome Research）

该研究探讨了是否可以通过谱图库搜索实现磷酸肽的识别和同时位点定位。这允许利用特定谱图特征的比较，从而改善对不同定位的区分。为了构建库，研究团队提出了谱图模拟策略。这项工作在磷酸化蛋白质组学方法学方面具有重要创新意义，为提高磷酸化位点定位的可靠性提供了新的计算方法。

6.《Label-free quantitative phosphoproteomics with novel pairwise abundance normalization reveals synergistic RAS and CIP2A signaling》

（Scientific Reports）

该研究通过磷酸肽富集和基于质谱的无标记定量分析了由RAS或PP2A调节的磷酸化蛋白质组。为了在RAS或PP2A抑制剂CIP2A的缺失导致磷酸肽丰度发生大的单向变化的情况下进行数据标准化，研究团队开发了一种新颖的标准化策略，称为成对标准化。该研究不仅在技术方法上有所创新，更在癌症相关信号通路研究方面提供了重要见解。

项目分析

1. 图尔库蛋白质组学设施建设项目

作为图尔库蛋白质组学设施的主任，导师负责建设和管理包含主要质谱仪器的综合性平台，包括用于ESI-MS/MS的Q-Star 机构、LTQ Velos Orbitrap Pro with ETD、Q Exactive和TSQ Vantage，以及用于MALDI-MS/MS的Ultrafelx II。该项目为北欧地区的蛋白质组学研究提供了重要的技术支撑，服务于来自国内外大学、研究机构和公司的客户。设施提供全方位的蛋白质组学服务，包括鉴定、定量和验证研究，以及软件开发等生物信息学服务。

2. 芬兰国家蛋白质组学和代谢组学技术平台项目

导师担任芬兰国家蛋白质组学和代谢组学技术平台的主席，负责协调全国范围内的蛋白质组学和代谢组学研究资源。该项目的建设对于提升芬兰在蛋白质组学领域的整体研究实力具有重要意义，通过资源整合和技术标准化，促进了多机构间的合作研究，推动了该领域的技术创新和应用拓展。

3. "Science for Art"跨学科合作项目

导师与HIMS的其他研究团队合作开展了一个新的重点领域项目，即"Science for Art"项目，该项目结合了艺术史、艺术保护和科学的跨学科研究。这个创新性项目展示了现代分析技术在文化遗产保护方面的应用潜力，通过先进的质谱技术分析艺术品的材料组成和保存状态，为文物保护提供科学依据。

研究想法

1.基于多模态质谱技术的阿尔茨海默病早期诊断标志物发现与验证

• 研究目标：开发整合血浆蛋白质组、脂质组和代谢组的多维度分析平台
• 创新点：结合磷酸化蛋白质组学和糖基化蛋白质组学，构建疾病特异性分子指纹
• 可行性：基于导师在翻译后修饰分析方面的技术优势
• 应用价值：为阿尔茨海默病的早期干预提供分子依据

2.环境微塑料暴露的人体健康效应评估：从分子机制到人群流行病学

• 研究目标：建立微塑料暴露生物标志物检测方法，揭示其对人体蛋白质组的影响机制
• 创新点：首次将环境质谱技术与人群蛋白质组学相结合
• 可行性：利用导师在环境分析和临床蛋白质组学方面的双重优势
• 应用价值：为制定微塑料环境标准和健康防护政策提供科学依据

3.基于质谱成像的肿瘤微环境空间蛋白质组学图谱构建

• 研究目标：开发高分辨率质谱成像技术，绘制肿瘤组织中蛋白质表达的空间分布图
• 创新点：将单细胞分辨率的蛋白质分析与组织空间信息相结合
• 可行性：基于导师在质谱技术创新和临床应用方面的丰富经验
• 应用价值：为精准肿瘤治疗和免疫治疗效果预测提供新的技术平台

申请建议

1. 学术背景准备

核心技能要求 申请导师博士项目的学生需要具备扎实的分析化学和生物化学基础。重点需要掌握：

• 质谱技术理论基础：深入理解各种离子化技术（ESI、MALDI、APCI等）的原理和应用范围
• 蛋白质组学实验技能：熟练掌握蛋白质提取、酶解、肽段分离和富集等关键技术
• 数据分析能力：精通至少一种编程语言（Python、R或MATLAB），具备生物信息学分析能力
• 仪器操作经验：有高分辨质谱仪（如Orbitrap、Q-TOF等）的实际操作经验将是重要加分项

推荐预备研究经历 在申请前，建议学生主动寻求相关研究经历：

• 参与本科或硕士阶段的蛋白质组学或代谢组学研究项目
• 在分析化学实验室中获得质谱技术的实践经验
• 参与生物医学相关的数据分析项目，特别是大数据处理和机器学习应用

2. 研究计划制定策略

问题导向的研究设计 导师重视解决实际问题的研究，申请者应：

• 明确临床或应用需求：选择具有明确医学或环境应用价值的研究问题
• 技术创新与应用结合：在技术方法创新的同时，强调其在解决实际问题中的价值
• 跨学科思维：体现将质谱技术应用于传统生物医学之外领域的创新视野

方法学创新重点 结合导师的研究特长，建议重点关注：

• 样本前处理技术优化：针对特定样本类型开发新的前处理方法
• 数据分析算法改进：开发更高效、更准确的质谱数据分析工具
• 新型离子化技术：探索适用于特定分析需求的离子化技术改进

3. 申请材料准备指导

研究陈述撰写要点

• 突出技术优势：详细阐述自己在分析技术、数据分析或相关领域的独特优势
• 体现国际视野：参考国际前沿研究动态，展示对领域发展趋势的深入理解
• 强调合作精神：导师重视多学科合作，申请者应展现团队合作能力和跨领域学习意愿

推荐信策略建议

• 技术能力证明：至少一封推荐信应来自具有质谱或分析化学背景的导师
• 研究能力体现：推荐人应能具体描述申请者的独立研究能力和创新思维
• 国际化经历：如有国际合作或交流经历，应请相关导师提供推荐信

4. 面试准备策略

技术知识准备 深入了解导师近期发表的重要论文，特别是：

• 2024年在Analytical Chemistry上发表的无电极离子化技术
• 磷酸化蛋白质组学数据标准化方法
• 质谱成像技术在艺术保护中的应用

研究思路表达 准备清晰表达以下内容：

• 对导师研究领域的深入理解和个人见解
• 结合自己背景提出的具体研究设想
• 对未来研究发展方向的思考和规划

问题准备 准备针对导师研究工作的深度问题：

• 当前技术限制和潜在突破方向
• 跨学科合作的机会和挑战
• 研究成果的产业化应用前景

博士背景

Darwin，985生物医学工程系博士生，专注于合成生物学和再生医学的交叉研究。擅长运用基因编辑技术和组织工程方法，探索人工器官构建和个性化医疗的新途径。在研究CRISPR-Cas9系统在干细胞定向分化中的应用方面取得重要突破。曾获国家自然科学基金优秀青年科学基金项目资助，研究成果发表于《Nature Biotechnology》和《Biomaterials》等顶级期刊。